*
5' ATGATTGCGAAAATTGCGTTTAACG 3' ref: ATGATTGCGAAAATTGCGTTTAACG
||||||||||||||||||||||||| ref CT: ATGATTGTGAAAATTGTGTTTAATG
3' TACTAACGCTTTTAACGCAAATTGC 5' ref GA: ATAATTACAAAAATTACATTTAACA
*
|
| conversion C > T
V
*
5' ATGATTGCGAAAATTGTGTTTAATG 3'
|||||||||||||||||||||||||
3' TATTAACGTTTTTAATGTAAATTGT 5'
*
|
| 1st PCR cycle Generating reads from both:
V
* * R1:ATGATTGCGAAAATTGTGT
5' ATGATTGCGAAAATTGTGTTTAATG 3' OT > CT 5' ATGATTGCGAAAATTGTGTTTAATG 3' OT R2:CATTAAACACAATTTTCGC
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
3' TACTAACGCTTTTAACACAAATTAC 5' CTOT > GA 3' TACTAACGCTTTTAACACAAATTAC 5' CTOT R1:CATTAAACACAATTTTCGC
* * R2:ATGATTGCGAAAATTGTGT
--->
* * R1:ATAATTGCAAAAATTACAT
5' ATAATTGCAAAAATTACATTTAACA 3' CTOB > GA 5' ATAATTGCAAAAATTACATTTAACA 3' CTOB R2:TGTTAAATGTAATTTTTGC
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
3' TATTAACGTTTTTAATGTAAATTGT 5' OB > CT 3' TATTAACGTTTTTAATGTAAATTGT 5' OB R1:TGTTAAATGTAATTTTTGC
* * R2:ATAATTGCAAAAATTACAT
|
| Alignment
V
ref_CT: ATGATTGTGAAAATTGTGTTTAATG
OT: R1:ATGATTGCGAAAATTGTGT R1_CT: ATGATTGTGAAAATTGTGT
R2:CATTAAACACAATTTTCGC rcR2_GA: GTGAAAATTGTGTTTAATG
ref_CT: ATGATTGTGAAAATTGTGTTTAATG
CTOT: R1:CATTAAACACAATTTTCGC rcR1_GA: GTGAAAATTGTGTTTAAT
R2:ATGATTGCGAAAATTGTGT R2_CT: ATGATTGTGAAAATTGTGT
ref_GA: ATAATTACAAAAATTACATTTAACA
CTOB: R1:ATAATTGCAAAAATTACAT R1_GA: ATAATTACAAAAATTACAT
R2:TGTTAAATGTAATTTTTGC rcR2_CT ACAAAAATTACATTTAACA
ref_GA: ATAATTACAAAAATTACATTTAACA
OB: R1:TGTTAAATGTAATTTTTGC rcR1_CT: ACAAAAATTACATTTAACA
R2:ATAATTGCAAAAATTACAT R2_GA: ATAATTACAAAAATTACAT
-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
MChers/meth_align
Folders and files
| Name | Name | Last commit message | Last commit date | |
|---|---|---|---|---|
Repository files navigation
About
Description of the complexity behind the alignment of methylation data, and what BS aware aligners need to know to operate properly.
Resources
Stars
Watchers
Forks
Releases
No releases published
Packages 0
No packages published