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Author: bbimber

SequenceAnalysis/src/org/labkey/sequenceanalysis/run/alignment/SVTyperStep.java

@@ -113,6 +113,8 @@ else if (!svVcf.exists())
                 jsonArgs.add("-l");
                 jsonArgs.add(coverageJson.getPath());
 
+                jsonArgs.add("--verbose");
+
                 File doneFile = new File(ctx.getWorkingDirectory(), "json.done");
                 ctx.getFileManager().addIntermediateFile(doneFile);
                 if (doneFile.exists())
@@ -151,6 +153,8 @@ else if (!svVcf.exists())
                 svtyperArgs.add("-l");
                 svtyperArgs.add(coverageJson.getPath());
 
+                svtyperArgs.add("--verbose");
+
                 if (threads != null)
                 {
                     svtyperArgs.add("--core");