Modules 6 ready for 2025-2026

Author: phgrosjean

DESCRIPTION

@@ -1,5 +1,5 @@
 Package: BioDataScience2
-Version: 2025.5.0
+Version: 2025.6.0
 Title: A Series of Learnr Documents for Biological Data Science 2
 Description: Interactive documents using learnr for studying biological data science (second course).
 Authors@R: c(

NEWS.md

@@ -1,3 +1,8 @@
+# BioDataScience2 2025.6.0
+
+-   Learnr **B06La_ahc** and **B06Lb_kmeans** revised for 2025-2026.
+
+
 # BioDataScience2 2025.5.0
 
 -   Learnr **B05La_nls**, revised for 2025-2026.

…ials/B06La_ahc/B06La_ahc.Rmd.inactivated inst/tutorials/B06La_ahc/B06La_ahc.Rmdinst/tutorials/B06La_ahc/B06La_ahc.Rmd.inactivated renamed to inst/tutorials/B06La_ahc/B06La_ahc.Rmd inst/tutorials/B06La_ahc/B06La_ahc.Rmd.inactivated renamed to inst/tutorials/B06La_ahc/B06La_ahc.Rmd

@@ -14,6 +14,36 @@ runtime: shiny_prerendered
 ```{r setup, include=FALSE}
 BioDataScience2::learnr_setup()
 SciViews::R("explore")
+# Required for RSConnect
+# SciViews::R
+library(rlang)
+library(data.table)
+library(ggplot2)
+library(tibble)
+library(tidyr)
+library(dplyr)
+library(dtplyr)
+library(broom)
+library(forcats)
+library(collapse)
+library(fs)
+library(data.trame)
+library(svFast)
+library(svTidy)
+library(svMisc)
+library(svBase)
+library(svFlow)
+library(data.io)
+library(chart)
+library(tabularise)
+library(SciViews)
+# ... more
+library(readxl)
+library(testthat)
+library(equatags)
+# 'explore' packages
+library(exploreit)
+library(ade4)
 
 # A hack to get fun$type() working in learnr
 #chart <- list(
@@ -49,7 +79,7 @@ BioDataScience2::learnr_server(input, output, session)
 -   Vérifier que vous avez bien compris la logique et les différentes étapes de réalisation d'un dendrogramme : matrice de distance, classification ascendante hiérarchique (CAH), représentation graphique et coupure du dendrogramme pour obtenir des groupes.
 -   Vous préparer à analyser et interpréter de manière autonome un jeu de données multivariées à l'aide de la CAH.
 
-Vous devez avoir étudié le contenu du [module 6](https://wp.sciviews.org/sdd-umons2/?iframe=wp.sciviews.org/sdd-umons2-2024/cah-kmeans-div.html){target="_blank"} du cours et réalisé les exercices H5P qui s'y trouvent avant de vous lancer dans ce tutoriel Learnr.
+Vous devez avoir étudié le contenu du [module 6](https://wp.sciviews.org/sdd-umons2/?iframe=wp.sciviews.org/sdd-umons2-2025/cah-kmeans-div.html){target="_blank"} du cours et réalisé les exercices H5P qui s'y trouvent avant de vous lancer dans ce tutoriel Learnr.
 
 ## Communautés piscicoles de rivière
 

…06Lb_kmeans/B06Lb_kmeans.Rmd.inactivated …/tutorials/B06Lb_kmeans/B06Lb_kmeans.Rmdinst/tutorials/B06Lb_kmeans/B06Lb_kmeans.Rmd.inactivated renamed to inst/tutorials/B06Lb_kmeans/B06Lb_kmeans.Rmd inst/tutorials/B06Lb_kmeans/B06Lb_kmeans.Rmd.inactivated renamed to inst/tutorials/B06Lb_kmeans/B06Lb_kmeans.Rmd

@@ -14,6 +14,36 @@ runtime: shiny_prerendered
 ```{r setup, include=FALSE}
 BioDataScience2::learnr_setup()
 SciViews::R("explore")
+# Required for RSConnect
+# SciViews::R
+library(rlang)
+library(data.table)
+library(ggplot2)
+library(tibble)
+library(tidyr)
+library(dplyr)
+library(dtplyr)
+library(broom)
+library(forcats)
+library(collapse)
+library(fs)
+library(data.trame)
+library(svFast)
+library(svTidy)
+library(svMisc)
+library(svBase)
+library(svFlow)
+library(data.io)
+library(chart)
+library(tabularise)
+library(SciViews)
+# ... more
+library(readxl)
+library(testthat)
+library(equatags)
+# 'explore' packages
+library(exploreit)
+library(ade4)
 
 # Preparation dataset
 data("doubs", package = "ade4")
@@ -43,7 +73,7 @@ BioDataScience2::learnr_server(input, output, session)
 -   Vous préparer à analyser et interpréter de manière autonome un jeu de données multivariées à l'aide des k-moyennes
 -   Vous familiarisez avec les indices de diversité : richesse spécifique, indice de Shannon, indice de Jaccard...
 
-N'entamez ce tutoriel qu'après avoir compris le principe des k-moyennes et les indices de diversité proposés dans le [module 6](https://wp.sciviews.org/sdd-umons2/?iframe=wp.sciviews.org/sdd-umons2-2024/k-moyennes.html) du cours. Assurez-vous d'avoir réalisé les exercices H5P qui s'y trouvent avant de vous lancer dans ce tutoriel-ci.
+N'entamez ce tutoriel qu'après avoir compris le principe des k-moyennes et les indices de diversité proposés dans le [module 6](https://wp.sciviews.org/sdd-umons2/?iframe=wp.sciviews.org/sdd-umons2-2025/k-moyennes.html) du cours. Assurez-vous d'avoir réalisé les exercices H5P qui s'y trouvent avant de vous lancer dans ce tutoriel-ci.
 
 ## Communautés piscicoles de rivière